1. 고충민원의 의미
​고충민원은 법률적으로 "고충민원"이란 행정기관등의 위법ㆍ부당하거나 소극적인 처분(사실행위 및 부작위를 포함한다) 및 불합리한 행정제도로 인하여 국민의 권리를 침해하거나 국민에게 불편 또는 부담을 주는 사항에 관한 민원(현역장병 및 군 관련 의무복무자의 고충민원을 포함한다)을 말합니다.

2. 고충민원의 처리유형
부패방지권익위법 에서는 이렇게 수렴하여 조사한 고충민원들은 조사과정에서 다음과 같이 처리되고 있습니다.
​
가. 합의의 권고를 할 수 있습니다.
권익위원회는 조사 중이거나 조사가 끝난 고충민원에 대한 공정한 해결을 위하여 필요한 조치를 당사자에게 제시하고 합의를 권고할 수 있습니다.

나. 조정을 할 수 있습니다.
권익위원회는 다수인이 관련되거나 사회적 파급효과가 크다고 인정되는 고충민원의 신속하고 공정한 해결을 위하여 필요하다고 인정하는 경우에는 당사자의 신청 또는 직권에 의하여 조정을 할 수 있습니다. 

조정은 당사자가 합의한 사항을 조정서에 기재한 후 당사자가 기명날인하거나
서명하고 권익위원회가 이를 확인함으로써 성립하게 됩니다. 
이러한 조정은 「민법」상의 화해와 같은 효력이 있습니다.

다. ​시정의 권고 및 의견의 표명할 수 있습니다.
권익위원회는 고충민원에 대한 조사결과 처분 등이 위법ㆍ부당하다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 경우에는 관계 행정기관등의 장에게 적절한 시정을 권고할 수 있으며, 고충민원에 대한 조사결과 신청인의 주장이 상당한 이유가 있다고 인정되는 사안에 대하여는 관계 행정기관등의 장에게 의견을 표명할 수 있습니다.

라. 제도개선의 권고 및 의견의 표명이 가능합니다.
권익위원회는 고충민원을 조사ㆍ처리하는 과정에서 법령 그 밖의 제도나 정책 등의 개선이 필요하다고 인정되는 경우에는 관계 행정기관등의 장에게 이에 대한 합리적인 개선을 권고하거나 의견을 표명할 수 있습니다.

마. 감사의 의뢰도 합니다.
고충민원의 조사ㆍ처리과정에서 관계 행정기관등의 직원이 고의 또는 중대한 과실로 위법ㆍ부당하게 업무를 처리한 사실을 발견한 경우 위원회는 감사원에, 시민고충처리위원회는 당해 지방자치단체에 감사를 의뢰도 합니다.

3. 고충민원 처리절차
    가. 고충민원 접수 및 분류
먼저, 국민권익위원회 신문고에 접수하는 방법은 보통의 경우 on-line(https://www.epeople.go.kr)이나 off-line(우편물)으로 접수가 가능합니다. 국민고충처리위원회 내에서 소관부서로 분류되고 담당조사관이 배정됩니다.

   나.고충민원의 조사
접수된 고충민원이 조사관이 정해지면 사안에 따라 다르겠지만 보통 1개월내에 조사에 착수하게 되고 조사를 마치게됩니다. 필요시 1개월 연장이 가능합니다.    

   다.  고충민원의 조사결과 처리
조사를 마치게 되면 고충민원조사결과보고서가 작성이 되고 내부적으로 소위원회심의의결, 전원위원회심의의결과정을 거쳐 최종 처리결과를 확정하고 이를 이해당사자인 고충민원청구인과 피청구기관에 통보하게 됩니다 
    
    라.고충민원의 조사결과 후속조치
한편, 국민권익위원회가 조사하여 그 결과를 조치하는 여러 유형에도 불구하고 피청구기관들은 국민권익위원회의 조사결과에 대해 강제력은 없으나 다음의 법규에서 보시는 바와 같이 후속조치를 해야 하므로 대부분은 이에 따른 다고 해야 할 것입니다.<>